厦门市总工会内设9个职能部室（办公室、组织部、宣教部、政研室、经济部、法律与保障部、财务部、女职工部、审计室）、8个产业工会（交通建设、财贸轻纺、机电化农林水、市直机关、外商独资企业、私营企业、开发区、科文卫体），下属7家事业单位（市工人文化宫、杏林工人文化宫、职工技术协会、职工技术交流站、职工休养所、进城务工人员服务中心和市职工对外交流中心），另有送温暖基金和工会主席联谊会、离退休职工联合会。

厦门市基层工会组织5255个，工会会员53万人。

市总工会机关的主要职责是：

1、组织和指导各级工会贯彻落实党和国家关于工人运动、工会工作的方针、政策，进一步突出和履行工会的维护职责。

2、研究、制定全市工会工作计划，组织实施上级工会的工作部署和全市工代会的各项决议。

3、参与涉及职工切身利益的地方性法律、法规和政策的研究、制定。

4、加强全市基层工会组织建设，开展建设”职工之家“活动。

5、指导基层工会开展以职工代表大会为基本制度的民主选举、民主决策、民主管理和民主监督工作，研究和推动基层工会建立平等协商、集体合同制度和监督保证机制。

6、围绕经济建设中心，组织和指导基层工会开展群众性的经济技术创新活动。

7、协助有关部门抓好机关、企事业单位的劳动安全卫生和社会保障工作。参与职工重大伤亡事故的处理。依法维护女职工的特殊权益。

8、协调劳动关系，参与调节社会矛盾。推动劳动关系三方协商机制的建立和完善。

9、根据政府委托，与有关部门共同做好劳动模范和先进生产(工作)者的评选、表彰、培养和管理工作。

10、宣传党的路线、方针、政策，加强职工学校、文化官、俱乐部建设，开展职工政治思想、科学文化技术教育和文娱、体育活动，建设“四有“职工队伍。

11、负责全市工会经费的收缴、管理、使用和审计工作。管理市总直属企事业单位。

12、围绕党和政府的中心工作以及工人运动、工会工作 等重大课题，开展调查和研究。

13、协助市有关党组织管理工会领导班子，抓好工会干部教育培训，提高工会干部素质。

14、发展同台、港、澳工会和国外工会的交流与合作。

15、承担市委、市政府及上级工会交办的其他事项。